El LMS se apoya en un servidor de bases de datos para almacenar los datos de los alumnos, los contenidos, los cursos, el seguimiento, los progresos, etc. Es la aplicación que hace las funciones de “biblioteca” o repositorio.
Este servidor de bases de datos, por medidas de seguridad, debería encontrarse en un ordenador dedicado diferente al servidor web, siendo además necesario que se realicen copias de seguridad con mucha frecuencia.
Existen diferentes tecnologías usadas como servidor de base de datos, las hay gratuitas (un ejemplo muy utilizado es MySQL), así como comerciales (los mas conocidos son SQLServer u Oracle SQL).